Со цел да се овозможи подобро функционирање на Европската Бизнис Асоцијација во почетокот на 2005 се отпочна со формирање на комисии, кои ќе опфатат луѓе и бизниси од различни сфери на работењето. Овие комисии се фромирани со цел да им се овозможи на членовите на ЕБА место каде што тие би ги идентификувале и дискутирале заедничките ставови и решенија на различни сегменти од деловното работење.
Комбинирајќи компании со слични активности и домени на работа, комисиите на ЕБА претставуваат плодна почва за дијалог и решавање на настанатите проблеми.
Комисиите на ЕБА претставуваат главно лоби тело на Асоцијацијата. Членови и претставници на ЕБА одржуваат редовни средби со официјални владини лица со цел да иницираат дијалог со Владата како и со претставниците на Европската Комисија. 
До овој момент Европската Бизнис Асоцијација има формирано пет комисии, чијашто работа засега е базирана во Скопје:

• Банкарство & Финансии
• Екологија
• Индустрија
• Правна
•  Претпримеништво и Мали и Средни Пртепријатија

Сите овие комисии одржуваат редовни месечни состаноци каде што разговараат за тековните теми и проблеми со кои се соочуваат во нивната работа.
Во иднина ЕБА планира да ги насочи своите активности кон проширување на работата и бројот на комисиите, давајќи им можност на членките од различни дејности да ги обединат своите цели и идеи .